从咖啡果到咖啡豆的过程，称为“精选”，主要分为精制和分选。在收获咖啡果后，剥掉果肉剥掉，取出种子，去掉种子的外壳，这部分工序称为“精制”。之后，按照品质差别区分，挑出混入的异物，这部分工序称为“分选”。
上半部分为咖啡豆，下半部分为咖啡果精选工程的第一步是精制，可以分为四种方法：第一种叫“非水洗式”或“干燥式”，这是传统比较久远一直沿用的方法，阿拉比卡种中的巴西咖啡豆、埃塞俄比亚咖啡豆、也门咖啡豆大都采用这种精制方法。另外，几乎所有的卡内弗拉种也都有会用非水洗式进行处理。第二种叫“水洗式”，据说这种方法是印度人发明的。对阿拉比卡种来说，中南美各国、加勒比海各国、非洲各国产地的咖啡豆基本都采用水洗式处理。印度、印度尼西亚的卡内弗拉种咖啡豆也基本都采用这种方法。第三种是“半水洗式”，这是巴西人发明的新方法，用这种方法可以制出与非水洗式法不一样特性的生咖啡豆。第四种是“苏门答腊式”，这是印度尼西亚的苏门答腊岛、苏拉威西岛自古以来就使用的方法，用这种方法处理的生咖啡豆，从外观上很容易辨别。
精选工程的第二步是分选，即将咖啡生豆中的异物去除并按照尺寸区分的分选工序，共分为五个阶段：第1阶段是人们将混入生豆的石子挑出来，利用石子和生咖啡豆的比重差异进行挑选。有些石子是工人操作时不小心混进去的，也有些是为了增加产品重量而人为掺人的。第2阶段是利用风力进行分选。把豆子从空中倒下来，在落下的过程中施加风力，这样轻的豆子和异物就被吹走了。第3阶段是滤网分选，根据尺寸进行分选，各个生产国有各自要求的尺寸规格。第4阶段是比重分选。这是在第3阶段对生豆尺寸进行了分选后，再对高品质、比重大的生咖啡豆进行分选的工序。第5阶段，也就是最后的程序-根据颜色进行分选。这道工序可以机器筛选，也可以人工筛选。总之，就是将颜色怪异的不合格生豆挑出来。
经过这些工序，生咖啡豆的加工就完成了，之后，就可以进行咖啡豆的烘焙了。
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